Nie korzystam z FC, ale odpowiem.
Kolorowe kamery mają każdy piksel pokryty filtrem barwnym, żeby rejestrował on tylko jeden z trzech podstawowych kolorów (czerwony, zielony, niebieski); kwadrat złożony z czterech pikseli ma przeważnie dwa piksele zielone i po jednym czerwonym i niebieskim (ale w różnych konfiguracjach, zależnie od modelu matrycy). Każdy piksel rejestruje tylko jeden kolor, więc informację o pozostałych dwóch składowych są dla danego piksela interpolowane z pikseli okolicznych (w takim najprostszym przypadku). Ten patent wymyślił pan Bryce Bayer, stąd nazywa się to filtrem czy maską Bayera.
Ponieważ tak naprawdę każdy piksel jest w stanie rejestrować tylko natężenie światła (czyli obraz monochromatyczny) i nic nie wie o żadnych kolorach, żeby uzyskać "normalny" obraz kolorowy trzeba przeprowadzić w jakiś sposób tę wspomnianą wyżej interpolację danych i proces ten nazywany jest - znów od nazwiska pana Bayera - debayeryzacją. Odpowiadając więc na twoje pierwsze pytanie - z definicji wpływa to właśnie na kolor. W tym kwadracie złożonym z czterech pikseli, jak wspomniałem, konkretny układ filtrów barwnych może być różny, więc kluczowe jest wybranie właściwego (u Ciebie, zdaje się, jest to RGGB, czyli lewy górny to czerwony, prawy górny to zielony, lewy dolny to zielony, prawy dolny to niebieski). Jeżeli wybierzesz nie ten wzór co trzeba (albo program go sam wybierze z jakiegoś powodu), to np. faktyczna informacja o natężeniu światła niebieskiego będzie interpretowana jak natężenie zielonego czy coś w tym stylu, więc kolory będą całkowicie z dupy.
Pytałem Cię wcześniej w jakim formacie zapisujesz dane - skoro jest to .avi, to jest to już zapewne obraz po debayeryzacji*, czyli każden jeden piksel ma zapisaną informację o wszystkich trzech składowych. Debayeryzację przeprowadza w locie FC (używając najprostszej i najszybszej możliwej metody), więc musisz mu ręcznie wskazać odpowiedni układ maski Bayera, skoro sam sobie tego nie ogarnia. Lepszym rozwiązaniem jest zapisywanie nagrań w formacie .ser - w tych plikach są zapisywane, poza samymi danymi obrazu, także informacje o czasie, parametrach klatki i kamery (w tym wzór maski Bayera) itp., co może się przydać później. Dane są "surowe" i można je sobie potem przetworzyć jak tam się chce, w tym można wybrać dające lepszą jakość, ale bardziej wymagające obliczeniowo, algorytmy debayeryzacji. No i nie ma ryzyka, że jak przy nagrywaniu wybierzesz nie ten wzór co trzeba, to potem już dupa - bo tak jest w twoim przypadku.
To czy wybierzesz "L" czy "RGB", o ile dobrze pamiętam, nie ma większego znaczenia, bo to jest tylko takie oznaczenie dla informacji i nie przekłada się na nic. Chyba, że się mylę, to niech mnie ktoś poprawi.
Jak z tego teraz wybrnąć?
Kolory masz źle i w pliku wideo trudno będzie coś z tym zrobić (choć pewnie ktoś wymyślił jakiś sprytny programik do rozwiązywania tego dokładnie problemu). Ja bym to normalnie zestackował itp. z takimi kolorami jak są - póki co będzie wyglądało dziwnie - a potem w tym obrazku wynikowym pozamieniał kolory w jakimś programie do obróbki grafiki.
__________________________________
* co do zasady powinno dać się zapisać w formacie .avi również dane bez debayeryzacji, ale chyba ani FC, ani SC tego nie robią.